Στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του ΑΠΘ λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών που οδηγούν αποκλειστικά σε Διδακτορικό Δίπλωμα.

Επίσης, το Τμήμα συμμετέχει σε διατμηματικά μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών.